Введение. Цитомегаловирус (ЦМВ) ‒ ДНК-содержащий вирус, широко распространенный по всему миру и имеющий важное значение в инфекционной патологии детей и взрослых.
Цель – определить встречаемость ЦМВ у детей и иммунокомпроментированного населения Нижегородского региона (центральная часть России) и провести филогенетический анализ выявленных штаммов на основе генов UL55 и UL73.
Материалы и методы. Исследовали образцы ДНК ЦМВ, обнаруженного у часто болеющих детей и взрослых – реципиентов солидных органов. Оценку генетического разнообразия ЦМВ проводили по двум вариабельным генам: UL55(gB) и UL73(gN), с применением технологии NGS на платформе Illumina. Филогенетические деревья были построены в программе MEGA X, достоверность топологии кластеров на деревьях подтверждена с помощью метода rapid bootstrаp на основе генерации 500 псевдореплик.
Результаты. Установлена циркуляция на территории нижегородского региона ЦМВ 5 генотипов по гену UL55(gB) и 5 генотипов по гену UL73(gN). При этом как у детей, так и у взрослых доминировали генотипы gB1 и gB2, генотип gB5 был выявлен только у детей. Спектр gN-генотипов был более разнообразным: у детей превалировали генотипы gN4a и gN3b, а у взрослых – генотипы gN1 и gN4b. Полученные результаты позволили установить сходство пейзажа генотипов ЦМВ, циркулирующих в России (Нижегородский регион), Бразилии, Китае и США.
Заключение. Установлено сходство пейзажа генотипов ЦМВ, циркулирующих в России (Нижегородский регион), Бразилии, Китае и США: у детей доминируют генотипы gB1 (40,0[%]), gB2 (33,3[%]), gN4a (42,8[%]) и gN3b (28,6[%]), а у взрослых (реципиентов солидных органов) ‒ gB1 (37,5[%]), gB2 (37,5[%]), gN1 (26,3[%]) и gN4b (26,3[%]).
Connoly S.A., Jardetzky T.S., Longnecker R. The structural basis of herpesvirus entry. Nat. Rev. Microbiol. 2021; 19(2): 110–21. https://doi.org/10.1038/s41579-020-00448-w.
DOI: 10.1038/s41579-020-00448-w
Ssentongo P., Hehnly C., Birungi P., Roach M.A., Spady J., Fronterre C., et al. Congenital cytomegalovirus infection burden and epidemiologic risk factors in countries with universal screening. JAMA Netw. Open. 2021; 4(8): e2120736. https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen.2021.20736.
DOI: 10.1001/jamanetworkopen.2021.20736
Горбачёв В.В., Дмитраченко Т.И., Семёнов В.М., Егоров С.К. Аспекты реактивации цитомегаловируса у пациентов, находящихся в критическом состоянии. Журнал инфектологии. 2022; 14(4): 61–8. https://doi.org/10.22625/2072-6732-2022-14-4-61-68 https://elibrary.ru/davphd.
DOI: 10.22625/2072-6732-2022-14-4-61-68https://elibrary.ru/davphd
Hayden R.T., Caliendo A.M. Persistent challenges of interassay variability in transplant viral load testing. J. Clin. Microbiol. 2020; 58(10): e00782-20. https://doi.org/10.1128/JCM.00782-20.
DOI: 10.1128/JCM.00782-20
Mu H., Qiao W., Zou J., Zhang H. Human cytomegalovirus glycoprotein B genotypic distributions and viral load in symptomatic infants. J. Infect. Dev. Ctries. 2023; 17(12): 1806-1813. https://doi.org/10.3855/jidc.18291.
DOI: 10.3855/jidc.18291
Шахгильдян В.И. Врожденная цитомегаловирусная инфекция: актуальные вопросы, возможные ответы. Неонатология: новости, мнения, обучение. 2020; 8(4): 61–72. https://doi.org/10.33029/2308-2402-2020-8-4-61-72 https://elibrary.ru/xsnbrk.
DOI: 10.33029/2308-2402-2020-8-4-61-72https://elibrary.ru/xsnbrk
Ванькова О.Е., Бруснигина Н.Ф. Молекулярная и филогенетическая характеристика изолятов цитомегаловируса, выделенных у детей Нижнего Новгорода. Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО. 2021; (4): 25–30. https://doi.org/10.35627/2219-5238/2021-337-4-25-30 https://elibrary.ru/rfedkt.
DOI: 10.35627/2219-5238/2021-337-4-25-30https://elibrary.ru/rfedkt
Ванькова О.Е., Бруснигина Н.Ф. Генотипирование клинических изолятов цитомегаловируса, выделенных у реципиентов солидных органов. Инфекция и иммунитет. 2022; 12(1): 59–68. https://doi.org/10.15789/2220-7619-GCC-1653 https://elibrary.ru/thvdbq.
DOI: 10.15789/2220-7619-GCC-1653https://elibrary.ru/thvdbq
Ye L., Qian Y., Yu W., Guo G., Wang H., Xue X. Functional profile of human cytomegalovirus genes and their associated diseases: a review. Front. Microbiol. 2020; 11: 2104. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.02104.
DOI: 10.3389/fmicb.2020.02104
Marti-Carreras J., Maes P. Human cytomegalovirus genomics and transcriptomics through the lens of next-generation sequencing: revision and future challenges. Virus Genes. 2019; 55(2): 138–64. https://doi.org/10.1007/s11262-018-1627-3.
DOI: 10.1007/s11262-018-1627-3
Sijmons S., Thys K., Ngwese M.M., Damme V.E., Dvorak J., Loock M.V., et al. High-throughput analysis of human cytomegalovirus genome diversity highlights the widespread occurrence of gene-disrupting mutations and pervasive recombination. J. Virol. 2015; 89(15): 7673–95. https://doi.org/10.1128/jvi.00578-15.
DOI: 10.1128/jvi.00578-15
Dong N., Cao L., Zheng D., Su L., Lu L., Dong Z., et al. Distribution of CMV envelop glycoprotein B, H and N genotypes in infants with congenital cytomegalovirus symptomatic infection. Front. Pediatr. 2023; 11: 1112645. https://doi.org/10.3389/fped.2023.1112645.
DOI: 10.3389/fped.2023.1112645
Ванькова О.Е., Бруснигина Н.Ф., Новикова Н.А. NGS-технология в мониторинге генетического разнообразия штаммов цитомегаловируса. Современные технологии в медицине. 2023; 15(2): 41–7. https://doi.org/10.17691/stm2023.15.2.04 https://elibrary.ru/gwepec.
DOI: 10.17691/stm2023.15.2.04https://elibrary.ru/gwepec
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096.
DOI: 10.1093/molbev/msy096
Sarkar A., Das D., Ansari S., Chatterjee R. P., Mishra L., Basu B., et al. Genotypes of glycoprotein B gene among the Indian symptomatic neonates with congenital CMV infection. BMC Pediatr. 2019; 19(1): 291. https://doi.org/10.1186/s12887-019-1666-5.
DOI: 10.1186/s12887-019-1666-5
Puhakka L., Pati S., Lappalainen M., Lonnqvist T., Niemensivu R., Lindahl P., et al. Viral shedding and distribution of cytomegalovirus glycoprotein H(UL75), glycoprotein B (UL55), and glycoprotein N(UL73) genotypes in congenital cytomegalovirus infection. J. Clin. Virol. 2020; 125: 104287. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104287.
DOI: 10.1016/j.jcv.2020.104287
Pati S., Pinninti S., Novak Z., Chowdhury N., Patro R., Fowler K., et al. Genotypic diversity and mixed infection in newborn disease and hearing loss in congenital cytomegalovirus infection. J. Pediatr. Infect. Dis. 2014; 32(10): 1050–4. https://doi.org/10.1097/inf.0b013e31829bb0b9.
DOI: 10.1097/inf.0b013e31829bb0b9
Wu X.J., Wang Y., Zhu Z.L., Xu Y., He G.S., Han Y., et al. The correlation of cytomegalovirus gB genotype with viral DNA load and treatment time in patients with CMV infection after hematopoietic stem cell transplantation. Zhonghua Xue Ye Xue Za Zhi. 2013; 34(2): 109–12. (in Chinese)
Pignatelli S., Lazzarotto Т., Gatto M.R. Cytomegalovirus gN genotypes distribution among congenitally infected newborns and their relationship with symptoms at birth and sequelae. Clin. Infect. Dis. 2010; 51(1): 33–41. https://doi.org/10.1086/653423.
DOI: 10.1086/653423
Jankovića M., Ćupića M., Kneževića A., Vujićb D., Soldatovićc I., Zečevićb Ž., et al. Cytomegalovirus glycoprotein B and N genotypes in pediatric recipients of the hematopoietic stem cell transplant. J. Virology. 2020; 548: 168–73. https://doi.org/10.1016/j.virol.2020.07.010.
DOI: 10.1016/j.virol.2020.07.010
Wang H., Valencia S.M., Preifer S.P., Jensen J.D., Kowalik T.F., Permar S.R. Common polymorphisms in the glycoproteins of human cytomegalovirus and associated strain-specific immunity. Viruses. 2021; 13(6): 1106. https://doi.org/10.3390/v13061106.
DOI: 10.3390/v13061106
Suárez N.M., Wilkie G.S., Hage E., Camiolo S., Holton M., Hughes J., et al. Human cytomegalovirus genomes sequenced directly from clinical material: variation, multiple-strain infection, recombination, and gene loss. J. Infect. Dis. 2019; 220(5): 781–91. https://doi.org/10.1093/infdis/jiz208.
DOI: 10.1093/infdis/jiz208