Цель работы направлена на разработку алгоритмов дифференциальной ПЦР индикации бактерий рода Brucellaс использованием баз данных их геномов. Материалы и методы. В работе использовались ресурсы Национального центра биотехнологической информации (NCBI) и программные утилиты «BLAST» и «Vector NTI 9.1.0». Для ПЦР амплификации использовались нуклеиновые кислоты B. suis, B. abortus, B. melitensis,а также плазмидная ДНК с маркерными вставками. Результаты и обсуждение. Проанализированы последовательности генов бруцелл, одни из которых имеются у бактерий рода Brucella, другие лишь у представителей вида B. melitensis, третьи лишь у представителей вида B. abortus. В результате дизайна праймеров и зондов для индикации бактерий рода Brucella и представителей видов B. melitensis и B. abortus установлены критерии, позволяю-щие амплифицировать маркерные последовательности этих бактерий, с одновременной их дифференциацией в условиях одной реакции. Определение штаммовых различий в пределах одного вида бруцелл описано в методике мультилокусного VNTR анализа, а профили тандемных повторов различных штаммов B. melitensis и B. abortus имеются в открытом доступе. Для контроля хода амплификации разработан положительный контроль, имеющий нуклеотидную последовательность всех маркерных областей. По тексту статьи указаны все нуклеотидные последовательности праймеров, зондов и положительного контроля, что предоставляет возможность самостоятельного их приобретения в компетентных организациях.
Агольцев В.А., Веселовский С.Ю., Частов А.А., Попова О.М. Эпидемиологические и эпизоотологические особенности бруцеллеза в Саратовской и в Западно-Казахстанской областях. Научная жизнь. 2017; 7:92–100.
Адиева А.А, Израилова Г.Р., Халилов Р.А., Меджидова М.Г., Умарова Ю.А. Использование биоинформационных методов при конструировании праймеров конститутивного гена, кодирующего белок тубулин для проведения от-пцр. Современные проблемы науки и образования. 2016; 6:526–33.
Александрова Н.М., Хаммадов Н.И., Шуралев Э.А., Елизарова И.А. Дифференциальная диагностика туберкулеза у человека и животных с применением мультиплексной тест-системы. Молекулярная диагностика: сб. трудов IХ Всерос. науч.-практич. конференции с междунар. участием. Тамбов: ООО «Юлис»; 2017. т. 1. с. 493.
Желудков М.М., Церельсон Л.Е. Резервуары бруцеллезной инфекции в природе. Зоологический журнал. 2010; 89(1):53–60.
Лямкин Г.И., Головнева С.И., Худолеев А.А., Чеботарева Е.Н., Шакирова Л.И., Куличенко А.Н. Обзор эпизоотической и эпидемической ситуации по бруцеллезу в российской Федерации в 2013 г. и прогноз на 2014 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2014; 2:29–32. DOI: 10.21055/0370-1069-2014-2-29-32..
DOI: 10.21055/0370-1069-2014-2-29-32
Ндайишимийе Э.В., Хаммадов Н.И., Осянин К.А., Фаизов Т.Х., Шуралев Э.А., Мукминов М.Н. Биоинформационный анализ олигонуклеотидов для молекулярно-генетической индикации возбудителей аспергиллеза и аскосфероза пчел. Ветеринарный врач. 2015; 2:3–9.
Садикалиева С.О., Строчков В.М., Орынбаев М.Б., Шораева К.А., Еспембетов Б.А., Сансызбай А.Р., Султанкулова К.Т. Молекулярно-генетическое типирование бактерии рода Brucella, циркулирующих в Республике Казахстан. Вестник башкирского университета. 2017; 22(2):403–8.
Сафина Г.М., Фомин А.М., Косарев М.А. Апробация новой системы специальных противобруцеллезных мероприятий на заключительном этапе оздоровления хозяйств от бруцеллеза крупного рогатого скота. Ветеринарный врач. 2016; 4:12–5.
García-Yoldi D., Marín C.M., de Miguel M.J., Muñoz P.M., Vizmanos J.L., López-Goñi I. Multiplex PCR assay for the identification and differentiation of all Brucellaspecies and the vaccine strains Brucella abortusS19 and RB51 and Brucella melitensisRev1. Clin. Chem. 2006; 52(4):779–81. DOI: 10.1373/clinchem.2005.062596..
DOI: 10.1373/clinchem.2005.062596
Kang S.I., Her M., Kim J.W., Kim J.Y., Ko K.Y., Ha Y.M., Jung S.C. Advanced multiplex PCR assay for differentiation of Brucella species. Appl. Environ. Microbiol. 2011; 77(18):6726–8. DOI: 10.1128/AEM.00581-11..
DOI: 10.1128/AEM.00581-11
Khammadova A.V., Shuralev E.A., Khammadov N.I., Oumarou B.M., Faizov T.K., Mukminov M.N. Design of primers for identification of honey bee viruses in multiplex-PCR. Astra Salvensis.2017; 5(1):481–9.
Lívia de Lima Orzil, Ingred Sales Preis, Iassudara Garcia de Almeida, Patrícia Gomes de Souza, Paulo Martins Soares Filho, Fabrício Barcelos JacintoI, Antônio Augusto Fonseca Júnior. Validation of the multiplex PCR for identification of Brucellaspp. Ciência Rural, Santa Maria. 2016; 46(5):847–52. DOI: 10.1590/0103-8478cr20150065..
DOI: 10.1590/0103-8478cr20150065
Mustafa A.S., Habibi N., Osman A., Shaheed F., Khan M.W. Species identification and molecular typing of human Brucellaisolates from Kuwait. PLoS One. 2017; 12(8):e0182111. DOI: 10.1371/journal.pone.0182111..
DOI: 10.1371/journal.pone.0182111
Shevtsova E., Shevtsov A., Mukanov K., Filipenko M., Kamalova D., Sytnik I., Syzdykov M., Kuznetsov A., Akhmetova A., Zharova M., Karibaev T., Tarlykov P., Ramanculov E. Epidemiology of brucellosis and genetic diversity of Brucella abortus in Kazakhstan. PLoS One.2016; 11(12):e0167496. DOI: 10.1371/journal.pone.0167496..
DOI: 10.1371/journal.pone.0167496