Возбудитель вспышки ГЛПС в Саратовской области, 2019 г.

СтатьяПРОБ ОСОБ ОПАС ИНФ. 2021; № 4: 150–156. DOI:10.21055/0370-1069-2021-4-150-156

Яшина Л.Н.^[1]

Трегубчак Т.В.^[1]

Малышев Б.С.^[1]

Сметанникова Н.А.^[1]

Грищенко И.В.^[1]

Дольский А.А.^[1]

Швалов А.Н.^[1]

Зайковская А.В.^[2]

Казанцев А.В.^[2]

Чекашов В.Н.^[2]

Красовская Т.Ю.^[2]

^[1]Государственный НЦ вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора

^[2]Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»

Патогенные хантавирусы, принадлежащие к роду Orthohantavirus семейства Hantaviridae, широко распространены во многих регионах мира и являются возбудителями геморрагической лихорадки с почечным синдромом (ГЛПС ) в Европе и Азии. На территории европейской части России наиболее активные очаги ГЛПС располагаются на территории оптимума ареала обитания природного носителя вируса Пуумала (PUUV), рыжих полевок (Myodes glareolus), – в Среднем Поволжье и Предуралье. Наибольшее количество заболевших ГЛПС регистрируется в Приволжском федеральном округе. В 2019 г. на территории Саратовской области зарегистрирована вспышка ГЛПС , число заболевших составило 2702 человека, среди которых преобладали жители Саратова и Саратовского района. Цель работы – генетическое типирование возбудителей от больных ГЛПС и носителей во время вспышки 2019 г. в Саратове и филогенетический анализ полноразмерных геномов вируса от природных носителей. Материалы и методы. Для генетического исследования использовано восемь образцов от больных ГЛПС из Саратова (2019) и три образца тканей легких рыжих полевок, отловленных в окрестностях Саратова (2019). Все образцы проанализированы методом обратной транскрипции – полимеразной цепной реакции с последующим секвенированием и филогенетическим анализом. Результаты и обсуждение. Генотипированы шесть РНК -изолятов хантавирусов от больных ГЛПС , получены полноразмерные геномы трех РНК -изолятов от носителей вируса. Показано, что возбудителем вспышки ГЛПС в Саратове был вирус PUUV. Исследованный вариант вируса относится к генетической ветви RUS, наиболее близок к штаммам из Удмуртии и Татарстана и отличается от вариантов вируса, циркулирующих на территории Республики Башкортостан и Самарской области.

хантавирус

геморрагическая лихорадка с почечным синдромом

вспышка ГЛПС

Россия

Puumala virus

Башкирия

Больные

Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом

Геном

Легкие

Методы

Особо опасные инфекции

Поволжье

РНК

Российская Федерация

Татарстан

Удмуртия

Человек

Jonsson C.B., Figueiredo L.T., Vapalahti O. A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease. Clin. Microbiol. Rev. 2010; 23(2):412–41. DOI: 10.1128/CMR.00062-09..
DOI: 10.1128/CMR.00062-09

Clement J., LeDuc J.W., Lloyd G., Reynes J.M., McElhinney L., Van Rans M., Lee H.W. Wild rats, laboratory rats, pet rats: global Seoul hantavirus disease revisited. Viruses. 2019; 11(7):652. DOI: 10.3390/v11070652..
DOI: 10.3390/v11070652

Tkachenko E.A., Ishmukhametov A.A., Dzagurova T.K., Bernshtein A.D., Morozov V.G., Siniugina A.A., Kurashova S.S., Balkina A.S., Tkachenko P.E., Kruger D.H., Klempa B. Hemorrhagic fever with renal syndrome, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2019; 25(12):2325–7. DOI: 10.3201/eid2512.181649..
DOI: 10.3201/eid2512.181649

Савицкая Т.А., Иванова А.В., Исаева Г.Ш., Решетникова И.Д., Трифонов В.А., Зиатдинов В.Б., Серова И.В., Сафронов В.А. Оценка эпидемиологической ситуации по геморрагической лихорадке с почечным синдромом в мире и России, прогноз на 2020 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:62–70. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-62-70..
DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-62-70

Reynes J.M., Carli D., Boukezia N., Debruyne M., Herti S. Tula hantavirus infection in a hospitalised patient, France, June 2015. Euro Surveill. 2015; 20(50). DOI: 10.2807/1560-7917. ES.2015.20.50.30095..
DOI: 10.2807/1560-7917. ES.2015.20.50.30095

Reynes J.M., Carli D., Boukezia N., Debruyne M., Herti S. Tula hantavirus infection in a hospitalised patient, France, June 2015. Euro Surveill. 2015; 20(50). DOI: 10.2807/1560-7917. ES.2015.20.50.30095..
DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2015.20.50.30095

Plyusnin A., Vapalahti O., Lankinen H., Lehvaslaiho H., Apekina N., Myasnikov Y., Kallio-Kokko H., Henttonen H., Lundkvist A., Brummer-Korvenkontio M., Gavrilovskaya I., Vaheri A. Tula virus: a newly detected hantavirus carried by European common voles. J. Virol. 1994; 68(12):7833–9. DOI: 10.1128/JVI.68.12.7833-7839.1994..
DOI: 10.1128/JVI.68.12.7833-7839.1994

Якименко В.В., Деконенко А.Е., Малькова М.Г., Кузьмин И.В., Танцев А.К., Дзагурова Т.К., Ткаченко Е.А. О распространении хантавирусов в Западной Сибири. Медицинская паразитология и паразитарные болезни. 2000; 3:21–8.

Яшина Л.Н., Зайковская А.В., Протопопова Е.В., Бабкин И.В., Малышев Б.С., Товпинец Н.Н., Евстафьев И.Л. Хантавирус Тула на территории Крыма. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015; 4:38–41.

Castel G., Chevenet F., Razzauti M., Murri S., Marianneau P., Cosson J.F., Tordo N., Plyusnin A. Phylogeography of Puumala orthohantavirus in Europe. Viruses. 2019; 11(8):679. DOI: 10.3390/v11080679..
DOI: 10.3390/v11080679

Plyusnin A., Morzunov S.P. Virus evolution and genetic diversity of hantaviruses and their rodent hosts. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2001; 256:47–75. DOI: 10.1007/978-3-642-56753-7_4..
DOI: 10.1007/978-3-642-56753-7_4

Kariwa H., Yashimatsu K., Sawabe J., Yokota E., Arikawa J., Takashima I., Fukushima H., Lundkvist A., Shubin F.N., Isachkova L.M., Slonova R.A., Leonova G.N., Hashimoto N. Genetic diversities of hantaviruses among rodents in Hokkaido, Japan and Far East Russia. Virus Res. 1999; 59(2):219–28. DOI: 10.1016/s0168-1702(98)00141-5..
DOI: 10.1016/s0168-1702(98)00141-5

Yashina L.N., Abramov S.A., Dupal T.A., Danchinova G.A., Malyshev B.S., Hay J., Gu S.H., Yanagihara R. Hokkaido genotype of Puumala virus in the grey red-backed vole (Myodes rufocanus) and northern red-backed vole (Myodes rutilus) in Siberia. Infect. Genet. Evol. 2015; 33:304–13. DOI: 10.1016/j.meegid.2015.05.021..
DOI: 10.1016/j.meegid.2015.05.021

Song K.J., Baek L.J., Moon S., Ha S.J., Kim S.H., Park K.S., Klein T.A., Sames W., Kim H.C., Lee J.S., Yanagihara R., Song J.W. Muju virus, a novel hantavirus harboured by the arvicolid rodent Myodes regulus in Korea. J. Gen. Virol. 2007; 88:3121–9. DOI: 10.1099/vir.0.83139-0..
DOI: 10.1099/vir.0.83139-0

Ge X.Y., Yang W.H., Pan H., Zhou J.H., Han X., Zhu G.J., Desmond J.S., Daszak P., Shi Z.L., Zhang Y.Z. Fugong virus, a novel hantavirus harbored by the small oriental vole (Eothenomys eleusis) in China. Virol. J. 2016; 13:27–33. DOI: 10.1186/s12985-016-0483-9..
DOI: 10.1186/s12985-016-0483-9

Garanina S.B., Platonov A.E., Zhuravlev V.I., Murashkina A.N., Yakimenko V.V., Korneev A.G., Shipulin G.A. Genetic diversity and geographic distribution of hantaviruses in Russia. Zoon. Pub. Health. 2009; 56(6-7):297–309. DOI: 10.1111/j.1863-2378.2008.01210.х..
DOI: 10.1111/j.1863-2378.2008.01210.х

Яшина Л.Н., Кузина И.И., Малышева Т.В., Иванов Л.И., Хасанова С.С. Применение амплификационной тест-системы для диагностики геморрагической лихорадки с почечным синдромом и изучения генотипов вирусов-возбудителей. Вестник Российской академии медицинских наук. 2004; 8:40–3.

Dekonenko A., Yakimenko V., Ivanov A., Morozov V., Nikitin P., Khasanova S., Dzagurova T., Tkachenko E., Schmaljohn C. Genetic similarity of Puumala viruses found in Finland and western Siberia and of the mitochondrial DNA of their rodent hosts suggests a common evolutionary origin. Infect. Genet. Evol. 2003; 3:245–57.

Иванова А.В., Сафронов В.А., Попов Н.В., Кожанова О.И., Матвеева Н.И., Кресова У.А., Чумачкова Е.А., Поспелов М.В., Архипова Г.Н., Вяткин И.Н., Щербакова С.А., Кутырев В.В. Эпидемиологические особенности вспышки ГЛПС в Саратовской области 2019 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:78–85. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-78-85..
DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-78-85

Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V., Meisel H., Denys C., Koivogui L., ter Meulen J., Krüger D.H. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(5):838–40. DOI: 10/3201/eid1205.051487..
DOI: 10/3201/eid1205.051487

Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10):2731–9. DOI:10.1093/molbev/msr121..
DOI: 10.1093/molbev/msr121

Jaaskelainen K.M., Kaukinen P., Minskaya E.S., Plyusnina A., Vapalahti O., Elliott R.M., Weber F., Vaheri A., Plyusnin A. Tula and Puumala hantavirus NSs ORFs are functional and the products inhibit activation of the interferon-beta promoter. J. Med. Virol. 2007; 79(10):1527–36. DOI: 10.1002/jmv.20948..
DOI: 10.1002/jmv.20948

Язык текста: Русский

ISSN: 0370-1069