Размер шрифта
Цветовая схема
Изображения
Форма
Межсимвольный интервал
Межстрочный интервал
стандартные настройки
обычная версия сайта
закрыть
  • Вход
  • Регистрация
  • Помощь
Выбрать БД
Простой поискРасширенный поискИстория поисков
ГлавнаяРезультаты поиска
Статья; ОбзорИскать документыПерейти к записи. 2023; № 2: 13–28. DOI:10.21055/0370-1069-2023-2-13-28
Палеогеномика возбудителя чумы и перспективы палеогеномных исследований на территории России
Искать документыПерейти к записи[1]
Искать документыПерейти к записи[2]
Искать документыПерейти к записи[1]
Аффилированные организации
[1]Искать документыПерейти к записи
[2]Искать документыПерейти к записи
Аннотация
В обзоре собрана информация по палеогеномным исследованиям возбудителя чумы Yersinia pestis, охватывающим доисторическую эпоху, периоды первой и второй пандемий чумы, эпидемий и вспышек чумы конца XIX – XX в. Обобщены данные по реконструкции древних геномов Y. pestis периода позднего неолита, бронзового и железного веков, эпидемии «Юстинианова чума» первой пандемии чумы, эпидемии «Черная смерть» и последующих эпидемий второй пандемии чумы XIV–XVIII вв., а также по реконструкции путей распространения волн чумы в Евразии и направлений эволюции возбудителя чумы с формированием трансмиссивного пути передачи инфекции с помощью артропод. Приводятся результаты собственных исследований геномов Y. pestis из ключевых мест формирования этиологических агентов первой и второй пандемий чумы в горах Тянь-Шаня, исторических вспышек в Северном и Северо-Западном Прикаспии и других регионах России и сопредельных государств в конце XIX – XX в. Обсуждаются перспективные для проведения отечественных палеогеномных исследований чумы области Кавказа, Крыма, Северного Прикаспия, Сибири, Тянь-Шаня на территории России и сопредельных государств.
Ключевые слова
Искать документыПерейти к записи
Искать документыПерейти к записи
Искать документыПерейти к записи
Искать документыПерейти к записи
Литература

Bos K.I., Kühnert D., Herbig A., Esquivel-Gomez L.R., Andrades Valtueña A., Barquera R., Giffin K., Kumar Lankapalli A., Nelson E.A., Sabin S., Spyrou M.A., Krause J. Paleomicrobiology: diagnosis and evolution of ancient pathogens. Annu. Rev. Microbiol. 2019; 73:639–66. DOI: 10.1146/annurev-micro-090817-062436..
DOI: 10.1146/annurev-micro-090817-062436

Rasmussen S., Allentoft M.E., Nielsen K., Orlando L., Sikora M., Sjögren K.-G., Pedersen A.G., Schubert S., Van Dam A., Kapel C.M., Nielsen H.B., Brunak S., Avetisyan P., Epimakhov A., Khalyapin M.V., Gnuni A., Kriiska A., Lasak I., Metspalu M., Moiseyev V., Gromov A., Pokutta D., Saag L., Varul L., Yepiskoposyan L., Sicheritz-Pontén T., Foley R.A., Lahr M.M., Nielsen R., Kristiansen K., Willerslev E. Early divergent strains of Yersinia pestis in Eurasia 5,000 years ago. Cell. 2015; 163(3):571–82. DOI: 10.1016/j.cell.2015.10.009..
DOI: 10.1016/j.cell.2015.10.009

Andrades Valtueña A., Mittnik A., Key F.M., Haak W., Allmäe R., Belinskij A., Daubaras M., Feldman M., Jankauskas R., Janković I., Massy K., Novak M., Pfrengle S., Reinhold S., Šlaus M., Spyrou M.A., Szécsényi-Nagy A., Tõrv M., Hansen S., Bos K.I., Stockhammer P.W., Herbig A., Krause J. The Stone Age plague and its persistence in Eurasia. Curr. Biol. 2017; 27(23):3683–3691.e8. DOI: 10.1016/j.cub.2017.10.025..
DOI: 10.1016/j.cub.2017.10.025

Rascovan N., Sjögren K.-G., Kristiansen K., Nielsen R., Willerslev E., Desnues C., Rasmussen S. Emergence and spread of basal lineages of Yersinia pestis during the Neolithic decline. Cell. 2019; 176(1-2):295–305e10. DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.0054..
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.0054

Mordechai L., Eisenberg M., Newfield T.P., Izdebski A., Kay J.E., Poinar H. The Justinianic Plague: An inconsequential pandemic? Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2019; 116(51):25546–54. DOI: 10.1073/pnas.1903797116..
DOI: 10.1073/pnas.1903797116

Stenseth N.C., Atshabar B.B., Begon M., Belmain S.R., Bertherat E., Carniel E., Gage K.L., Leirs H., Rahalison L. Plague: past, present, and future. PLoS Med. 2008; 5(1):e3. DOI: 10.1371/journal.pmed.0050003..
DOI: 10.1371/journal.pmed.0050003

Bos K.I., Schuenemann V.J., Golding G.B., Burbano H.A., Waglechner N., Coombes B.K., McPhee J.B., DeWitte S.N., Meyer M., Schmedes S., Wood J., Earn D.J., Herring D.A., Bauer P., Poinar H.N., Krause J. A draft genome of Yersinia pestis from victims of the Black Death. Nature. 2011; 478(7370):506–10. DOI: 10.1038/nature10549..
DOI: 10.1038/nature10549

Andrades Valtueña A., Neumann G.U., Spyrou M.A., Musralina L., Aron F., Beisenov A., Belinskiy A.B., Bos K.I., Buzhilova A., Conrad M., Djansugurova L.B., Dobeš M., Ernée M., Fernández-Eraso J., Frohlich B., Furmanek M, Hałuszko A, Hansen S., Harney É., Hiss A.N., Hübner A., Key F.M., Khussainova E., Kitov E., Kitova A.O., Knipper C., Kühnert D., Lalueza-Fox C., Littleton J., Massy K., Mittnik A., Mujika-Alustiza J.A., Olalde I., Papac L., Penske S., Peška J., Pinhasi R., Reich D., Reinhold S., Stahl R., Stäuble H., Tukhbatova R.I., Vasilyev S., Veselovskaya E., Warinner C., Stockhammer P.W., Haak W., Krause J., Herbig A. Stone Age Yersinia pestis genomes shed light on the early evolution, diversity, and ecology of plague. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2022; 119(17):e2116722119. DOI: 10.1073/pnas.2116722119..
DOI: 10.1073/pnas.2116722119

Eisen R.J., Bearden S.W., Wilder A.P., Montenieri J.A., Antolin M.F., Gage K.L. Early-phase transmission of Yersinia pestis by unblocked fleas as a mechanism explaining rapidly spreading plague epizootics. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2006; 103(42):15380–5. DOI: 10.1073/pnas.0606831103..
DOI: 10.1073/pnas.0606831103

Bland D.M., Miarinjara A., Bosio C.F., Calarco J., Hinnebusch B.J. Acquisition of yersinia murine toxin enabled Yersinia pestis to expand the range of mammalian hosts that sustain flea-borne plague. PLoS Pathog. 2021; 17(10):e1009995. DOI: 10.1371/journal.ppat.1009995..
DOI: 10.1371/journal.ppat.1009995

Slavin P., Sebbane F. Emergence and spread of ancestral Yersinia pestis in Late-Neolithic and Bronze-Age Eurasia, ca. 5,000 to 2,500 y B.P. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2022; 119(21):e2204044119.

Dai R., Wei B., Xiong H., Yang X., Peng Y., He J., Jin J., Wang Y., Zha X., Zhang Z., Liang Y., Zhang Q., Xu J., Wang Z., Li W. Human plague associated with Tibetan sheep originates in marmots. PLoS Negl. Trop. Dis. 2018; 12(8):e0006635. DOI: 10.1371/journal.pntd.0006635..
DOI: 10.1371/journal.pntd.0006635

Susat J., Lübke H., Immel A., Brinker U., Macāne A., Meadows J., Steer B., Tholey A., Zagorska I., Gerhards G., Schmölcke U., Kalniņš M., Franke A., Pētersone-Gordina E., Teßman B., Tõrv M., Schreiber S., Andree C., Bērziņš V., Nebel A., Krause-Kyora B. A 5,000-year-old hunter-gatherer already plagued by Yersinia pestis. Cell Rep. 2021; 35(13):109278. DOI: 10.1016/j. celrep.2021.109278..
DOI: 10.1016/j. celrep.2021.109278

Yu H., Spyrou M.A., Karapetian M., Shnaider S., Radzevičiūtė R., Nägele K., Neumann G.U., Penske S., Zech J., Lucas M., LeRoux P., Roberts P., Pavlenok G., Buzhilova A., Posth C., Jeong C., Krause J. Paleolithic to Bronze Age Siberians reveal connections with first Americans and across Eurasia. Cell. 2020; 181(6):1232–1245.e20. DOI: 10.1016/j.cell.2020.04.037..
DOI: 10.1016/j.cell.2020.04.037

Zimbler D.L., Schroeder J.A., Eddy J.L., Lathem W.W. Early emergence of Yersinia pestis as a severe respiratory pathogen. Nat. Commun. 2015; 6:7487. DOI: 10.1038/ncomms8487..
DOI: 10.1038/ncomms8487

Kılınç G.M., Kashuba N., Koptekin D., Bergfeldt N., Dönertaş H.M., Rodríguez-Varela R., Shergin D., Ivanov G., Kichigin D., Pestereva K., Volkov D., Mandryka P., Kharinskii A., Tishkin A., Ineshin E., Kovychev E., Stepanov A., Dalén L., Günther T., Kırdök E., Jakobsson M., Somel M., Krzewińska M., Storå J., Götherström A. Human population dynamics and Yersinia pestis in ancient northeast Asia. Sci. Adv. 2021; 7(2):eabc4587. DOI: 10.1126/sciadv.abc4587..
DOI: 10.1126/sciadv.abc4587

Spyrou M.A., Tukhbatova R.I., Wang C.-C., Valtueña A.A., Lankapalli A.K., Kondrashin V.V., Tsybin V.A., Khokhlov A., Kühnert D., Herbig A., Bos K.J., Krause J. Analysis of 3800-yearold Yersinia pestis genomes suggests Bronze Age origin for bubonic plague. Nat. Commun. 2018; 9(1):2234. DOI: 10.1038/s41467-018-04550-9..
DOI: 10.1038/s41467-018-04550-9

Chouikha I., Hinnebusch B.J. Silencing urease: a key evolutionary step that facilitated the adaptation of Yersinia pestis to the flea-borne transmission route. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2014; 111(52):18709–14. DOI: 10.1073/pnas.1413209111..
DOI: 10.1073/pnas.1413209111

Sun Y.-C., Jarrett C.O., Bosio C.F., Hinnebusch B.J. Retracing the evolutionary path that led to flea-borne transmission of Yersinia pestis. Cell Host Microbe. 2014; 15(5):578–86. DOI: 10.1016/j.chom.2014.04.003.20..
DOI: 10.1016/j.chom.2014.04.003.20

Harbeck M., Seifert L., Hänsch S., Wagner D.M., Birdsell D., Parise K.L. Wiechmann I., Grupe G., Thomas A., Keim P., Zöller L., Bramanti B., Riehm J.M., Scholz H.C. Yersinia pestis DNA from skeletal remains from the 6(th) century AD reveals insights into Justinianic Plague. PLoS Pathog. 2013; 9(5):e1003349. DOI: 10.1371/journal.ppat.1003349..
DOI: 10.1371/journal.ppat.1003349

Wagner D.M., Klunk J., Harbeck M., Devault A., Waglechner N., Sahl J.W., Enk J., Birdsell D.N., Kuch M., Lumibao C., Poinar D., Pearson T., Fourment M., Golding B, Riehm J.M., Earn D.J., Dewitte S., Rouillard J.M., Grupe G., Wiechmann I., Bliska J.B., Keim P.S., Scholz H.C., Holmes E.C., Poinar H. Yersinia pestis and the plague of Justinian 541–543 AD: a genomic analysis. Lancet Infect. Dis. 2014; 14(4):319–26. DOI: 10.1016/S1473-3099(13)70323-2..
DOI: 10.1016/S1473-3099(13)70323-2

Feldman M., Harbeck M., Keller M., Spyrou M.A., Rott A., Trautmann B., Scholz H.C., Päffgen B., Peters J., McCormick M., Bos K., Herbig A., Krause J. A high-сoverage Yersinia pestis genome from a sixth-century Justinianic Plague victim. Mol. Biol. Evol. 2016; 33(11):2911–23. DOI: 10.1093/molbev/msw170..
DOI: 10.1093/molbev/msw170

Eroshenko G.A., Nosov N.Y., Krasnov Y.M., Oglodin Y.G., Kukleva L.M., Guseva N.P., Kuznetsov A.A., Abdikarimov S.T., Dzhaparova A.K., Kutyrev V.V. Yersinia pestis strains of ancient phylogenetic branch 0.ANT are widely spread in the high-mountain plague foci of Kyrgyzstan. PLoS One. 2017; 12(10):e0187230. DOI: 10.1371/journal.pone.0187230..
DOI: 10.1371/journal.pone.0187230

Damgaard P.B., Marchi N., Rasmussen S., Peyrot M., Renaud G., Korneliussen T., Moreno-Mayar J.V., Pedersen M.W., Goldberg A., Usmanova E., Baimukhanov N., Loman V., Hedeager L., Pedersen A.G., Nielsen K., Afanasiev G., Akmatov K., Aldashev A., Alpaslan A., Baimbetov G., Bazaliiskii V.I., Beisenov A., Boldbaatar B., Boldgiv B., Dorzhu C., Ellingvag S., Erdenebaatar D., Dajani R., Dmitriev E., Evdokimov V., Frei K.M., Gromov A., Goryachev A., Hakonarson H., Hegay T., Khachatryan Z., Khaskhanov R., Kitov E., Kolbina A., Kubatbek T., Kukushkin A., Kukushkin I., Lau N., Margaryan A., Merkyte I., Mertz I.V., Mertz V.K., Mijiddorj E., Moiyesev V., Mukhtarova G., Nurmukhanbetov B., Orozbekova Z., Panyushkina I., Pieta K., Smrčka V., Shevnina I., Logvin A., Sjögren K.G., Štolcová T., Taravella A.M., Tashbaeva K., Tkachev A., Tulegenov T., Voyakin D., Yepiskoposyan L., Undrakhbold S., Varfolomeev V., Weber A., Wilson Sayres M.A., Kradin N., Allentoft M.E., Orlando L., Nielsen R., Sikora M., Heyer E., Kristiansen K., Willerslev E. 137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes. Nature. 2018; 557(7705):369–74. DOI: 10.1038/s41586-018-0094-2..
DOI: 10.1038/s41586-018-0094-2

Seifert L., Wiechmann I., Harbeck M., Thomas A., Grupe G., Projahn M., Scholz H.C., Riehm J.M. Genotyping Yersinia pestis in historical plague: evidence for long-term persistence of Y. pestis in Europe from the 14th to the 17th century. PLoS One. 2016; 11(1):e0145194. DOI: 10.1371/journal.pone.0145194..
DOI: 10.1371/journal.pone.0145194

Spyrou M.A., Musralina L., Gnecchi Ruscone G.A., Kocher A., Borbone P.G., Khartanovich V.I., Buzhilova A., Djansugurova L., Bos K.I., Kühnert D., Haak W., Slavin P., Krause J. The source of the Black Death in fourteenth-century central Eurasia. Nature. 2022; 606(7915):718–24. DOI: 10.1038/s41586-022-04800-3..
DOI: 10.1038/s41586-022-04800-3

Хвольсон Д. Несторианские надписи из Семиречья. В кн.: Записки Восточного отделения Императорского Русского Археологического общества. Т. I. 1886. СПб.: Тип. Имп. Академии Наук; 1887. С. 217–21.

Пенской В.В., Липич В.В., Реутов Н.Н., Артюх А.В. «Бысть мор зол…»: «Черная смерть» XIV века на Руси. Проблемы социальной гигиены, здравоохранения и истории медицины. 2021; 29(4):1017–24. DOI: 10.32687/0869-866X-2020-29-4-1017-1024..
DOI: 10.32687/0869-866X-2020-29-4-1017-1024

Spyrou M.A., Tukhbatova R.I., Feldman M., Drath J., Kacki S., Beltrán de Heredia J., Arnold S., Sitdikov A.G., Castex D., Wahl J., Gazimzyanov I.R., Nurgaliev D.K., Herbig A., Bos K.I., Krause J. Historical Y. pestis genomes reveal the European Black Death as the source of ancient and modern plague pandemics. Cell Host Microbe. 2016; 19(6):874–81. DOI: 10.1016/j.chom.2016.05.012..
DOI: 10.1016/j.chom.2016.05.012

Schmid B.V., Büntgen U., Easterday W.R., Ginzler C., Walløe L., Bramanti B., Stenseth N.C. Climate-driven introduction of the Black Death and successive plague reintroductions into Europe. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2015; 112(10):3020–5. DOI: 10.1073/pnas.1412887112 35..
DOI: 10.1073/pnas.1412887112 35

Namouchi A., Guellil M., Kersten O., Hänsch S., Ottoni C., Schmid B.V., Pacciani E., Quaglia L., Vermunt M., Egil L. Bauer E.L., Derrick M., Jensend A.Ø., Kacki S., Cohn S.K. Jr, Stenseth N.C., Bramanti B. Integrative approach using Yersinia pestis geno­ mes to revisit the historical landscape of plague during the Medieval Period. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2018; 115(50):E11790-E11797. DOI: 10.1073/pnas.1812865115..
DOI: 10.1073/pnas.1812865115

Bos K.I., Herbig A., Sahl J., Waglechner N., Fourment M., Forrest S.A., Klunk J., Schuenemann V.J., Poinar D., Kuch M., Golding G.B., Dutour O., Keim P., Wagner D.M., Holmes E.C., Krause J., Poinar H.N. Eighteenth century Yersinia pestis genomes reveal the long-term persistence of an historical plague focus. Elife. 2016; 5:e12994. DOI: 10.7554/eLife.12994..
DOI: 10.7554/eLife.12994

Guellil M., Kersten O., Namouchi A., Luciani S., Marota I., Arcini C.A., Iregren E., Lindemann R.A., Warfvinge G., Bakanidze L., Bitadze L., Rubini M., Zaio P., Zaio M., Neri D., Stenseth N.C., Bramanti B. A genomic and historical synthesis of plague in 18th century Eurasia. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2020; 117(45):28328– 35. DOI: 10.1073/pnas.2009677117..
DOI: 10.1073/pnas.2009677117

Spyrou M.A., Keller M., Tukhbatova R.I., Scheib C.L., Nelson E.A., Andrades Valtueña A., Neumann G.U., Walker D., Alterauge A., Carty N., Cessford C., Fetz H., Gourvennec M., Hartle R., Henderson M., von Heyking K., Inskip S.A., Kacki S., Key F.M., Knox E.L., Later C., Maheshwari-Aplin P., Peters J., Robb J.E., Schreiber J., Ki-visild T., Castex D., Lösch S., Harbeck M., Herbig A., Bos K.I., Krause J. Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes. Nat. Commun. 2019; 10(1):4470. DOI: 10.1038/s41467-019-12154-0..
DOI: 10.1038/s41467-019-12154-0

Попова А.Ю., Кутырев В.В., редакторы. Атлас природных очагов чумы России и зарубежных государств. Калининград: РА Полиграфычъ; 2022. 348 с.

Ефременко В.И., Таран И.Ф., Антоненко А.Д. Черная смерть и ее укротители: (Очерки истории чумы на Кавказе). Ставрополь; 2000.

Супотницкий М.В., Супотницкая Н.С. Очерки истории чумы: в 2 кн. М.: Вузовская книга; 2006. 1119 с.

Палеев Ф.Н., Оноприенко Г.А., Молочков А.В. Эпидемия чумы XVIII века и развитие здравоохранения в Москве. Альманах клинической медицины. 2015; 37:6–9.

Morozova I., Kasianov A., Bruskin S., Neukamm J., Molak M., Batieva E., Pudło A., Rühli F.J. Schuenemann V.J. New ancient Eastern European Yersinia pestis genomes illuminate the dispersal of plague in Europe. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 2020; 375(1812):20190569. DOI: 10.1098/rstb.2019.0569..
DOI: 10.1098/rstb.2019.0569

Хайдаров Т.Ф. Латинские и арабские источники об эпидемии чумы в Крыму в 1346–1347 гг. Ученые записки Крымского федерального университета им. В.И. Вернадского. Серия «Исторические науки». 2016; 2(4):128–32.

Wheelis M. Biological warfare at the 1346 siege of Caffa. Emerg. Infect. Dis. 2002; 8(9):971–5. DOI: 10.3201/eid0809.010536..
DOI: 10.3201/eid0809.010536

Попова А.Ю., Кутырев В.В., редакторы. Кадастр эпидемиологических и эпизоотических проявлений чумы на территории Российской Федерации и стран ближнего зарубежья (с 1876 по 2016 год). Саратов: ООО «Амирит»; 2016. 248 с.

Hashemi Shahraki A., Carniel E., Mostafavi E. Plague in Iran: its history and current status. Epidemiol. Health. 2016; 38:e2016033. DOI: 10.4178/epih.e2016033..
DOI: 10.4178/epih.e2016033

Eroshenko G.A., Popov N.V., Al’khova Z.V., Kukleva L.M., Balykova A.N., Chervyakova N.S., Naryshkina E.A., Kutyrev V.V. Evolution and circulation of Yersinia pestis in the Northern Caspian and Northern Aral Sea regions in the 20th-21st centuries. PLoS One. 2021; 16(2):e0244615. DOI: 10.1371/journal.pone.0244615..
DOI: 10.1371/journal.pone.0244615

Balykova A.N., Kukleva L.M., Naryshkina E.A., Eroshenko G.A., Kutyrev V.V. Five draft genome sequences of historical Yersinia pestis strains of phylogroups 2.MED4 and 2.MED1 of the medieval biovar. Microbiol. Resour. Announc. 2022; 1(5):e0004422. DOI: 10.1128/mra.00044-22..
DOI: 10.1128/mra.00044-22

Дополнительная информация
Язык текста: Русский
ISSN: 0370-1069
Унифицированный идентификатор ресурса для цитирования: //medj.rucml.ru/journal/4e432d4d4943524f42452d41525449434c452d323032332d302d322d302d31332d3238/