МОЛЕКУЛЯРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ В САХАЛИНСКОЙ ОБЛАСТИ

СтатьяВИЧ ИНФ ИММУНОСУПР. 2017; Т. 9, № 3: 113–120. DOI:10.22328/2077-9828-2017-9-3-113-120

Туманов А.С.^[1]

Казеннова Е.В.^[1]

Громов К.Б.^[1]

Ломакина Е.А.^[2,3]

Зозуля Е.Ю.^[2,3]

Берсенев П.Г.^[2,3]

Бобкова М.Р.^[1]

^[1]Институт вирусологии им. Д.И.Ивановского ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф.Гамалеи» МЗ РФ

^[2]«Сахалинский областной центр по профилактике и борьбе со СПИДом»

^[3]«Сахалинский областной центр по профилактике и борьбе со СПИДом»

Представлены результаты молекулярно-эпидемиологического анализа вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в Сахаинской области. Показано, что в регионе доминирует вариант А6 подтипа А ВИЧ-1 (81,14[%]), а также выявлены варианты вирусов других подтипов (B, G) и рекомбинантых форм (CRF63_02A1, URF02_AG, CRF11_cpx). По данным филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей, все штаммы ВИЧ-1 подтипа А принадлежат варианту А6, доминирующему в России, а рекомбинант CRF63_02A1 аналогичен таковым, циркулирующим в Сибири и на Дальнем Востоке России. Дополнительный анализ с применением программы jpHMM позволил выявить две уникальные рекомбинантные формы (URF02_AG), образованные вирусами подтипов A и G. Среди вирусов подтипа B выявлен штамм BFSU, который в настоящее время широко распространен на Украине. Впервые в России на территории Сахалинской области был выявлен рекомбинант CRF11_cpx.

[p/]

ВИЧ-1

подтипы

филогенетический анализ

ВИЧ-1

Время

Дальневосточный федеральный округ

Дальний Восток

Образование

Оснований последовательность

Покровский В.В., Юрин О.Г., Кравченко А.В., Потекаев Н.С. Первый случай ВИЧ-инфекции у гражданина СССР // Журнал микробио- логии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1992. № 11. С. 19–22. [Pokrovsky V.V., Yurin O.G., Kravchenko A.V., Potekaev N.S. The first case of HIV infection in a citizen of the USSR. J. of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 1992, No. 11, pp. 19–22 (In Russ.)].

Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ладная Н.Н., Бобкова М.Р., Кравченко А.В., Покровский В.В. Субтипы ВИЧ-1 в России в 1987–1998 гг. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1999. № 1. С. 43–45. [Bobkov A.F., Kazennova E.V., Selimova L.M., Ladnaya N.N., Bobkova M.R., Kravchenko A.V., Pokrovsky V.V. Subtypes of HIV-1 in Russia 1987–1998. J. of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 1999, No. 1, pp. 43–45 (In Russ.)].

Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review. Infect. Genet. Evol., 2016, No. 46, pp. 150–158.

Bobkov A., Kazennova E., Selimova L., Bobkova M., Khanina T., Ladnaya N., Kravchenko A., Pokrovsky V., Cheingsong-Popov R., Weber J. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1998, No. 8, pp. 669–676.

Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Ладная Н.Н., Кравченко А.В., Саламов Г.Г., Буравцова Е.В., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-1 на территории России // Вестник РАМН. 2002. № 8. С. 40– 42. [Bobkov A.F., Kazennova E.V., Bobkova M.R., Selimova L.M., Khanina T.A., Ladnaya N.N., Kravchenko A.V., Salamov G.G., Buravtsova E.V., Pokrovsky V.V. Molecular-epidemiological characteristics of HIV-1 in the territory of Russia. Vestnik RAMS, 2002, No. 8, pp. 40–42 (In Russ.)].

Gashnikova N.M., Bogachev V.V., Baryshev P.B., Totmenin A.V., Gashnikova M.P., Kazachinskaya A.G., Ismailova T.N., Stepanova S.A., Chernov A.S., Mikheev V.N. A rapid expansion of HIV-1 CRF63_02A1 among newly diagnosed HIV-infected individuals in the Tomsk Region, Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2015, No. 4, pp. 456–460.

Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia. Arch. Virol., 2012, No. 12, pp. 2335–2341.

Лаповок И.А., Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Дзисюк Н.В., Утегенова А.К., Абишев А.Т., Тукеев М.С., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-1 в Казахстане в 2009–2013 гг. // Вопросы вирусологии. 2015. № 4. С. 29–37. [Lapovok A.I., Laga V.Yu, Kazennova E.V., Vasilyev A.V., Jisuk N.V., Utegenova A.K., Abishev A.T., Tukeev M.S., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 in Kazakhstan in 2009–2013. Problems of Virology, 2015, No. 4, pp. 29–37 (In Russ.)].

Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2014, No. 8, pp. 742–752.

Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А., Бейшеева Н., Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-гене- тическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии. 2012. № 5. С. 26–32. [Laga V.Yu., Kazennova E.V., Vasilyev A.V., Lapovok I.A., Ismailova A., Beysheeva N., Asybalieva N., Bobkova M.R. Molecular genetic characterization of HIV-1 spread in Kyrgyzstan. Problems of Virology, 2012, No. 5, pp. 26–32 (In Russ.)].

Struck D., Lawyer G., Ternes A.M., Schmit J.C., Bercoff D.P. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification. Nucleic Acids Res., 2014, No. 18, pp. e144.

Pineda-Peña A.C., Faria N.R., Imbrechts S., Libin P., Abecasis A.B., Deforche K., Gómez-López A., Camacho R.J., de Oliveira T., Vandamme A.M. Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: Performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools. Infect. Genet. Evol., 2013, No. 19, pp. 337– 348.

Schultz A.K., Zhang M., Bulla I., Leitner T., Korber B., Morgenstern B., Stanke M. jpHMM: improving the reliability of recombination prediction in HIV-1. Nucleic Acids Res., 2009, No. 37 (Web Server issue): W647–651.

Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol., 2013, Vol. 30, No. 12, pp. 2725–2729.

Информационный бюллетень № 39 // Федеральный научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом. М., 2014. 52 с. [Information Bulletin No. 39. Federal Scientific and Methodological Center for AIDS Prevention and Control, Moscow, 2014, 52 p. (In Russ.)].

Montavon C., Vergne L., Bourgeois A., Mpoudi-Ngole E., Malonga-Mouellet G., Butel C., Toure-Kane C., Delaporte E., Peeters M. Identification of a new circulating recombinant form of HIV type 1, CRF11-cpx, involving subtypes A, G, J, and CRF01-AE, in Central Africa. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2002, No. 3, pp. 231–236.

Delatorre E. and Bello G. Time-scale of minor HIV-1 complex circulating recombinant forms from Central and West Africa. BMC Evol. Biol., 2016, No. 16, pp. 249.

Riva C., Romano L., Saladini F., Lai A., Carr J.K., Francisci D., Balotta C., Zazzi M. Identification of a possible ancestor of the subtype A1 HIV Type 1 variant circulating in the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2008, No. 10, pp. 1319–1325.

Masharsky A.E., Klimov N.A., Kozlov A.P. Molecularcloning and analysis of full-length genome of HIV type 1strains prevalent in countries of the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2003, No. 10, pp. 933–939.

Hemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. WHO-UNAIDS Network for HIV Isolation and Characterisation. Global trends in molecular epidemiology of HIV-1 during 2000–2007. AIDS, 2011, No. 5, pp. 679–689.

Howard T.M., Olaylele D.O., Rasheed S. Sequence analysis of theglycoprotein 120 coding region of a new HIV type 1 subtype A strain (HIV-1IbNg) from Nigeria. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1994, No. 10, pp. 1755–1757.

Carr J.K., Salminen M.O., Albert J., Sanders-Buell E., Gotte D., Birx D.L., McCutchan F.E. Full genome sequences of human immunodeficiencyvirus type 1 subtypes G and A/G intersubtype recombinants. Virology, 1998, No. 247, pp. 22–31.

Zhang M., Foley B., Schultz A.K., Macke J.P., Bulla I., Stanke M., Morgenstern B., Korber B., Leitner T. The role of recombination in the emergence of a complex and dynamic HIV epidemic. Retrovirology, 2010, No. 7, pp. 25.

Язык текста: Русский

ISSN: 2077-9828