ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ВИЧ-1 В АЛТАЙСКОМ КРАЕ: ДАЛЬНЕЙШЕЕ РАСПРОСТРАНЕНИЕ ВАРИАНТА CRF63_02A1 ПО ТЕРРИТОРИИ ЗАПАДНОЙ СИБИРИ

СтатьяВИЧ ИНФ ИММУНОСУПР. 2020; Т. 12, № 1: 47–57. DOI:10.22328/2077-9828-2020-12-1-47-57

Казеннова Е.В.^[1]

Антонова А.А.^[1]

Ожмегова Е.Н.^[1]

Демьяненко Э.Р.^[2]

Минакова М.В.^[2]

Белоусова О.В.^[2]

Громов К.Б.^[1]

Бобкова М.Р.^[1]

^[1]Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф.Гамалеи (Москва)

^[2]Алтайский краевой центр по профилактике и борьбе со СПИДом и инфекционными заболеваниями

Цель исследования.Цель исследования: изучение генетического профиля ВИЧ-1 в Алтайском крае и исследование лекарственной резистентности вируса в регионе.Материалы и методы.Материалы и методы. В исследовании была использована коллекция образцов от 82 ВИЧ-инфицированных лиц, проживающих в Алтайском крае, собранная с их информированного согласия в 2017 г. Нуклеотидные последовательности области гена pol, кодирующей протеазу и часть обратной транскриптазы ВИЧ-1, получали методом in house путем прямого секвенирования амплифицированных фрагментов гена pol. Генотипирование, филогенетический и рекомбинантный анализ проводили с использованием программ HIVdbProgram: Sequence Analysis, COMET HIV-1, REGA HIV-1 Subtyping Tool (V3), MEGA 5.05, RIP и jpHMM.Результаты и их обсуждение. Показано, что в Алтайском крае доминирующим генотипом в регионе на 2017 г. (период сбора образцов) была циркулирующая рекомбинантная форма CRF63_02A1 (61[%]), суб-субтип А6 составлял 33[%], на остальные варианты, такие как В, G, URF, пришлось 6[%]. По данным филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей, рекомбинантная форма CRF63_02A1 аналогична таковым, циркулирующим в Сибири и на Дальнем Востоке России. Все штаммы ВИЧ-1 субтипа А принадлежат варианту А6, доминирующему в России. Анализ с применением программы RIP позволил выявить три уникальные рекомбинантные формы (URF), образованные вариантами CRF63_02A1 и А6. Мутации лекарственной устойчивости были зарегистрированы у 8 из 21 пациента (8/21, 38[%]), получающих антиретровирусную терапию. Условный показатель первичной лекарственной устойчивости в популяции составил 5,1[%].Заключение.Заключение. В настоящее время происходит процесс смены доминирующего штамма на CRF63_02A1 в Алтайском крае, где еще 13 лет назад основным был вариант ВИЧ-1 А6 (IDU-А).

ВИЧ-1

субтипы ВИЧ

филогенетический анализ

мутации лекарственной устойчивости

Алтайский край

Больные

ВИЧ-1

Время

Генетический профиль

Генотип

ДНК-направляемые РНК-полимеразы

Дальний Восток

Информированное согласие

Лекарственная устойчивость

Методы

Мутация

Население

Образование

Оснований последовательность

Пептид-гидролазы

Последовательностей анализ

РНК-направляемая ДНК-полимераза

Сибирь

Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeﬁciency virus classiﬁcation and nomenclature: Review // Infect. Genet. Evol. 2016. Vol. 46. Р. 150–158.

Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Ладная Н.Н., Бобкова М.Р., Кравченко А.В., Рябов Г.С., Суханова А.Л., Буравцова Е.В., Покровский В.В., Weber J.N. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ // Вестник Российской академии медицинских наук. 2003. № 12. С. 83–85.

Baryshev P.B, Bogachev V.V., Gashnikova N.M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia // Arch. Virol. 2012. Vol. 12. Р. 2335–2341.

Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А., Бейшеева Н., Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-гене- тическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии. 2012. № 5. С. 26–32.

Муранкина В.Р., Власов Е.В., Ивлев В.В., Тотменин А.В., Гашникова М.П., Мирджамалова Ф.О., Соколов Ю.В., Казаева Е.В., Гашникова Н.М. Данные текущего мониторинга эпидемии ВИЧ-инфекции в Новосибирской области // Молекулярная диагностика- 2017: сборник трудов IХ Всероссийской научно-практической конференции с международным участием. 2017. С. 476–477.

Gashnikova N.M., Bogachev V.V., Baryshev P.B., Totmenin A.V., Gashnikova M.P., Kazachinskaya A.G., Ismailova T.N., Stepanova S.A., Chernov A.S., Mikheev V.N. A rapid expansion of HIV-1 CRF63_02A1 among newly diagnosed HIV-infected individuals in the Tomsk Region, Russia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2015. Vol. 4. Р. 456–460.

Gashnikova N.M., Zyryanova D.P., Astakhova E.M., Ivlev V.V., Gashnikova M.P., Pustylnikov S.V., Bocharov E.F., Totmenin A.V., Moskaleva N.V., Aikin S.S., Bulatova T.N. Predominance of CRF63_02A1 and multiple patterns of unique recombinant forms of CRF63_A1 among individuals with newly diagnosed HIV-1 infection in Kemerovo oblast, Russia // Archives of Virology. 2017. Vol. 2. Р. 379–390.

Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Янович О.А., Щиканов Ю.В., Павлова М.Н., Шмакова Т.И. Молекулярно- эпидемиологическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Еврейской автономной области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2018. № 4. С. 90–99.

Тотменин А.В., Астахова Е.М., Ивлев В.В., Зырянова Д.П., Гашникова М.П., Власов Е.В., Муранкина В.Р., Гашникова Н.М. Особенности генотипирования ВИЧ-1 с учетом развития современных территориальных эпидемий // Молекулярная диагностика-2017: сборник тру- дов IХ Всероссийской научно-практической конференции с международным участием 2017: 477–478

Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 8. Р. 742–752.

Gashnikova N.M., Astakhova E.M., Gashnikova M., Bocharov E.F., Totmenin A.V., Petrova S.V., Pun’ko O.A., Popkov A.V. HIV-1 epidemiology, genetic diversity, and primary drug resistance in the Tyumen oblast, Russia // BioMed Research International. 2016. 2016. 2496280. Epub 2016 Nov 13.

Гришечкин А.Е., Казеннова Е.В., Суханова А.Л. Белых С.И., Султанов Л.В., Демьяненко Э.Р., Плотникова О.И., Ладная Н.Н., Покровский В.В., Бобков А.Ф. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции на территории Алтайского края // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. 2006. № 1. С. 15–19.

Gifford R.J., Liu T.F., Rhee S.Y., Kiuchi M., Hue S., Pillay D, Shafer R.W. The calibrated population resistance tool: standardized genotypic esti- mation of transmitted HIV-1 drug resistance // Bioinformatics. 2009. Vol. 9. Р. 1197–1198.

Miller S.A., Dykes D.D., Polesky H.F. Miller S.A., Dykes D.D., Polesky H.F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells // Nucleic Acids Res. 1988. Vol. 3. Р. 1215.

Struck D., Lawyer G., Ternes A.M., Schmit J.C., Bercoff D.P. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identiﬁca- tion // Nucleic Acids Res. 2014. Vol. 18. e144.

Pineda-Peña A.C., Faria N.R., Imbrechts S., Libin P., Abecasis A.B., Deforche K., Gómez-López A., Camacho R.J., de Oliveira T, Vandamme A.M. Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: Performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools // Infect. Genet. Evol. 2013. Vol. 19. Р. 337–348.

Schultz A.K, Zhang M., Bulla I., Leitner T., Korber B., Morgenstern B., Stanke M. jpHMM: improving the reliability of recombination prediction in HIV-1 // Nucleic Acids Res. 2009. Vol. 37 (Web Server issue): W647–651.

Siepel A.C., Halpern A.L., Macken C., Korber B.T. A computer program designed to screen rapidly for HIV type 1 intersubtype recombinant sequences // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1995. Vol. 11. Р. 1413–1416.

Altschul S., Gish W., Miller W., Myers E., Lipman D. Basic local alignment search tool // Journal of Molecular Biology. 1990. Vol. 3. Р. 403–410.

Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 12. Р. 2725–2729.

Riva C., Romano L., Saladini F., Lai A., Carr J.K., Francisci D., Balotta C., Zazzi M. Identiﬁcation of a possible ancestor of the subtype A1 HIV Type 1 variant circulating in the former Soviet Union // AIDS Research and Human Retroviruses. 2008. Vol. 10. Р. 1319–1325.

Туманов А.С., Казеннова Е.В., Громов, К.Б., Ломакина Е.А., Зозуля Е.Ю., Берсенев П.Г., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологиче- ский анализ ВИЧ-инфекции в Сахалинской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2017. Т. 3. С. 113–120.

Kazennova E., Laga V., Gromov K., Lebedeva N., Zhukova E., Pronin A., Grezina L., Dement’eva N., Shemshura A., Bobkova M. Genetic variants of HIV type 1 in MSM in Russia // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2017. Vol. 10. Р. 1061–1064.

Bennett D.E., Camacho R.J., Otelea D., Kuritzkes D.R., Fleury H., Kiuchi M., Heneine W., Kantor R., Jordan M.R., Schapiro J.M., Vandamme A.M., Sandstrom P., Boucher C.A., van de Vijver D, Rhee S.Y., Liu T.F., Pillay D., Shafer R.W. Drug resistance mutations for sur- veillance of transmitted HIV-1 drugresistance: 2009 update // PLoS One. 2009. Vol. 4, No. 3. e4724.

Wolinsky S.M, Korber B.T., Neumann A.U., Daniels M., Kunstman K.J., Whetsell A.J., Furtado M.R., Cao Y., Ho D.D., Safrit J.T. Adaptive evolution of HIV type 1 during the natural course of infection // Science. 1996. Vol. 272. Р. 537–542.

Hofstra L.M., Schmit J.C., Wensing A.M.J. Transmission of HIV-1 drug resistance. Handbook of Antimicrobial Resistance. doi: 10.1007/978- 1-4939-0667-3_23-1 Springer Science+Business Media New York 2015..
DOI: 10.1007/978- 1-4939-0667-3_23-1 Springer Science+Business Media New York 2015

Machnowska P., Meixenberger K., Schmidt D., Jessen H., Hillenbrand H., Gunsenheimer-Bartmeyer B., Hamouda O., Kücherer C., Bannert N. German HIV-1 Seroconverter Study Group // PLoS One. 2019. No. 1. e0209605. doi: 10.1371/journal.pone.0209605. eCollection 201..
DOI: 10.1371/journal.pone.0209605. eCollection 201

Sluis-Cremer N., Jordan M.R., Huber K., Wallis C.L., Bertagnolio S., Mellors J.W., Parkin N.T., Harrigan P.R. E138A in HIV-1 reverse transcriptase is more common in subtype C than B: implications for rilpivirine use in resource-limited settings // Antiviral Res. 2014. Vol. 107. Р. 31–34.

Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Васильев А.В., Бобкова М.Р. Естественные полиморфизмы гена pol варианта ВИЧ IDU-A. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2012. № 4. С. 44–51.

Язык текста: Русский

ISSN: 2077-9828