Генетический профиль и характеристика мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 на территории Краснодарского края в период 2014–2019 гг.

СтатьяВИЧ ИНФ ИММУНОСУПР. 2022; Т. 14, № 2: 20–30. DOI:10.22328/2077-9828-2022-14-2-20-30

Антонова А.А.^[1]

Туманов А.С.^[1]

Лебедев А.В.^[1]

Казеннова Е.В.^[1]

Глинкина Л.Н.^[1]

Кулагин В.В.^[2]

Шемшура А.Б.^[2]

Лебедев П.В.^[2]

Хотелева Л.В.^[2]

Бобкова М.Р.^[1]

^[1]Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф.Гамалеи (Москва)

^[2]КЦ профилактики и борьбы со СПИД

Цель. Молекулярно-генетический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших на территории Краснодарского края в период с 2014 по 2019 г., включая анализ мутаций лекарственной устойчивости.Материалы и методы. В исследовании были использованы коллекции образцов, полученные в период с 2014 по 2019 г. от 478 ВИЧ-инфицированных лиц, проживавших на территории Краснодарского края, из них 155 получали антиретровирусную терапию (АРТ). Проведено генотипирование полученных образцов с последующим филогенетическим анализом, а также детальный анализ выявленных уникальных рекомбинантных форм ВИЧ-1.Результаты. Показано, что на территории Краснодарского края продолжает доминировать ВИЧ-1 суб-субтипа A6 (80,5[%]), вторым по частоте встречаемости является генетический вариант B (9,2[%]). Также были обнаружены 11 уникальных рекомбинантных форм (URFs), 10 из которых являются результатом рекомбинации генетических вариантов A6 и В. Мутации лекарственной устойчивости были зарегистрированы у 114 пациентов, получающих АРТ (73,6[%]); основные мутации — M184V и A62V. Условный показатель передающейся лекарственной устойчивости в популяции наивных пациентов составил 4,6[%] (15/323); основные мутации — K103N и G190S.Заключение. Выполнен анализ генетического профиля и мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 на территории Краснодарского края в период с 2014 по 2019 г.

ВИЧ-1

субтипы ВИЧ-1

филогенетический анализ

уникальные рекомбинантные формы

мутации лекарственной устойчивости

Больные

ВИЧ-1

Генетическая рекомбинация

Генетический профиль

Лекарственная устойчивость

Методы

Мутация

Население

Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeter M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature // Infect Genet Evol. 2016. Vol. 46. Р. 150–158. doi: 10.1016/j.meegid.2016.10.018..
DOI: 10.1016/j.meegid.2016.10.018

Yamaguchi J., Vallari A., McArthur C., Sthreshley L., Cloherty G.A., Berg M.G., Rodgers M.A. Brief Report: Complete Genome Sequence of CG- 0018a-01 Establishes HIV-1 Suptype L // J. Acquir. Immune Defic Syndr. 2020. Vol. 83, No. 3. Р. 319–322. doi: 10.1097/QAI.0000000000002246..
DOI: 10.1097/QAI.0000000000002246

Lau K.A., Wong J.J.L. Current Trends of HIV Recombination Worldwide // Infect. Dis. Rep. 2013. Vol. 5 (Suppl. 1). doi: 10.4081/idr.2013.s1.e4..
DOI: 10.4081/idr.2013.s1.e4

Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. HIV-1 Genetic Diversity in Russia: CRF63_02A1, a New HIV Type 1 Genetic Variant Spreading in Siberia // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 6. Р. 592–597. doi: 10.1089/aid.2013.0196..
DOI: 10.1089/aid.2013.0196

Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р., Коломеец А.Н., Турбина Г.И., Шипулин Г.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. // Терапевтический архив. 2017. Т. 89, № 11. С. 44–49. [Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E., Kazennova E.V., Lebedev A.V., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Russia in 1987–2015. Therapeutic archive, 2017, Vol. 89, No. 11, рр. 44–49. doi: 10.17116/terarkh2017891144–49 (In Russ.)]..
DOI: 10.17116/terarkh2017891144–49 (In Russ.)]

DeHovitz J., Uuskula A., El-Bassel N. The HIV Epidemic in Eastern Europe and Central Asia // CurrHIV/AIDSRep. 2014, Vol. 11, No. 2. Р. 168–176. doi: 10.1007/s11904-014-0202-3..
DOI: 10.1007/s11904-014-0202-3

Aibekova L., Foley B., Hortelano G., Raees M., Abdraimov S., Toichuev R. et al. Molecular epidemiology of HIV-1 subtype A in former Soviet Union countries // PLoS ONE. 2018. Vol. 13, No. 2. Р. e0191891. doi: 10.1371/journal.pone.0191891..
DOI: 10.1371/journal.pone.0191891

Пасечник О.А., Блох А.И. Распространенность рекомбинантных форм ВИЧ-1 в регионах Российской Федерации и странах СНГ: систематический обзор и метаанализ // Инфекция и иммунитет. 2018. Т. 8, № 2. С. 127–138. [Pasechnik O.A., Blokh A.I. The prevalence of HIV recombinant forms in Russia and countries of the CIS: systematic review and metaanalysis. Russian Journal of Infection and Immunity, 2018, Vol. 8, No. 2, рр. 127–138 (In Russ.)]. doi: 10.15789/2220-7619-2018-2-127-138..
DOI: 10.15789/2220-7619-2018-2-127-138

Носик М.Н. Проблема резистентности вируса иммунодефицита человека к антиретровирусным препаратам // Вопросы вирусологии. 2014. Т. 59, № 4. С. 5–9. [Nosik M.N. A problem of the HIV drug resistance. Vopr. Virusol. 2014. Vol. 59, No. 4, рр. 5–9 (In Russ.)].

Miller S.A., Dykes D.D., Polesky H.F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells // Nucleic Acids Res. 1988. Vol. 16, No. 3. Р. 1215. doi: 10.1093/nar/16.3.1215..
DOI: 10.1093/nar/16.3.1215

Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И. А., Исмаилова А., Бейшеева Н. Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии. 2012. Т. 57, № 5. С. 26– 32. [Laga V.Iu., Kazennova E.V., Vasil’ev A.V., Lapovok I.A., Ismailova A., Bejsheeva N., Asybalieva N., Bobkova M.R. Molecular genetic characterization of the HIV-1 variant sabundantin Kirgiziia. Questions of virology, 2012, Vol. 57, No. 5, рр. 26–32 (In Russ.)].

Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. 2012. Vol. 15, No. 28. Р. 1166–1167. doi: 10.1093/bioinformatics/bts091..
DOI: 10.1093/bioinformatics/bts091

Larsson A. AliView: a fast and lightweight alightment viewer and editor for large datasets // Bioinformatics. 2014. Vol. 30, No. 22. Р. 3276–3278. doi: 10.1093/bioinformatics/btu531..
DOI: 10.1093/bioinformatics/btu531

Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies // Mol. Biol. Evol. 2015. Vol. 32, No. 1. Р. 268–274. doi: 10.1093/molbev/msu300..
DOI: 10.1093/molbev/msu300

Darriba D.D., Taboada G.L., Doallo R., Posada D. jModelTest2: more models, new heuristics and parallel computing // Nature Methods. 2012. Vol. 9, No. 8. Р. 772. doi: 10.1038/nmeth.2109..
DOI: 10.1038/nmeth.2109

Letunic I., Bork P. Interactive tree of life (iTOL) v3: an online tool for the display and annotation of phylogenetic and other trees // Nucleic Acids Res. 2016. Vol. 44 (W1). Р. W242–5. doi: 10.1093/nar/gkw290..
DOI: 10.1093/nar/gkw290

Кулагин В.В., Палагута А.Е. Ситуация по ВИЧ-инфекции в Краснодарском крае // Главный врач Юга России. 2010. Т. 2, № 21. С. 19– 22. [Kulagin V.V., Palaguta A.E. The situation of HIV infection in the Krasnodar Territory. Chief physician of the South of Russia, 2010, Vol. 2, No. 21, рр. 19–22 (In Russ.)]

Лебедев П.В. Эпидемиологическая ситуация по ВИЧ-инфекции в Краснодарском крае // Инновационное развитие. 2017. Т. 12, № 17. С. 225–226 [Lebedev P.V. Epidemiological situation of HIV infection in the Krasnodar Territory. Innovative development. 2017, Vol. 12, No. 17, рр. 225–226 (In Russ.)]

Москалеичик Ф.Ф., Лага В.Ю., Дельгадо Е., Вега И., Фернандес-Гарсия А., Перес-Альварес Л., Корнилаева Г.В., Пронин А.Ю., Жернов Ю.В., Томсон М.М., Бобкова М.Р., Карамов Э.В. Стремительное распространение циркулирующеи рекомбинантнои формы CRF02-AG ВИЧ-1 на территории России и сопредельных стран // Вопросы вирусологии. 2015. Т. 60, № 6. С. 14–19. [Moskaleychik F.F., Laga V.Yu., Delgado E., Vega Y., Fernandez-Garcia A., Perez-Alvarez L., Kornilaeva G.V., Pronin A.Yu., Zhernov Yu.V., Thomson M.M., Bobkova M.R., Karamov E.V. Rapid spread of the HIV-1 circularrecombinant CRF02-AGinRussia and neighboring countries. Questions of virology, 2015, Vol. 60, Nо. 6, рр. 14–19 (In Russ.)].

Murzakova A., Kireev D., Baryshev P., Lopatukhin A., et al. Molecular Epidemiology of HIV-1 Subtype G in the Russian Federation // Viruses. 2019, Vol. 11, Nо. 4. Р. 348. doi: 10.3390/v11040348..
DOI: 10.3390/v11040348

Liitsola K., Holm K., Bobkov A., Pokrovsky V., Smolskaya T., Leinikki P., Osmanov S., Salminen M. An AB recombinant and its parental HIV type 1 strains in the area of the Soviet Union: low requirements for sequence identity in recombination // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2000. Vol. 16, No. 11. Р. 1047–1053. doi: 10.1089/08892220050075309..
DOI: 10.1089/08892220050075309

Lukashov V., Huismans R., Rakhmanova A. Circulation of subtype A and gagA/envB recombinant HIV type 1 strains among injecting drug users in St. Petersburg, Russia, correlates with geographical origin of infections // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1999. Vol. 15, No. 17. Р. 1577–1583.

Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. Р. 2725–2729. doi: 10.1093/molbev/mst197..
DOI: 10.1093/molbev/mst197

Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Васильев А.В., Бобкова М.Р. Естественные полиморфизмы гена pol варианта ВИЧ-1 IDU-A // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2012. Т. 4, № 4. С. 44–51. [Kazennova E.V., Lapovok I.A., Laga V.Yu., Vasil’ev A.V., Bobkova M.R. Natural polymorphisms of HIV-1 IDU-Avariant pol gene. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2012, Vol. 4, No. 4, рр. 44–51 (In Russ.)].

Язык текста: Русский

ISSN: 2077-9828